El joven Tatsumi viaja a la capital del Imperio con el propósito de ganar dinero para su pueblo hambriento y se encuentra con un mundo de depravación inimaginable, dominado por el despiadado Primer Ministro que controla al niño Emperador. Tatsumi es reclutado por Night Raid, un grupo de asesinos dedicado a eliminar la corrupción matando sin piedad a funcionarios y nobles privilegiados.

La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.