La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.

Un niño que no tiene el poder de hacer magia lucha por obtener el título de Rey Mago, mientras cuatro antiguos Reyes Magos reaparecen para destruir el Reino del Trébol.

Él es un espía. Ella es una asesina. Juntos, Loid y Yor ocultan sus dobles vidas mientras fingen ser la familia perfecta. Sin embargo, su hija adoptiva, Anya, que es telépata, conoce los emocionantes secretos de ambos sin que lo sospechen. Bajo la excusa de llevar a su familia a una escapada invernal, los intentos de Loid por avanzar en su misión en curso, Operation Strix, se complican cuando Anya se involucra por error, desencadenando acontecimientos ¡que amenazan la paz mundial!